首先，自然周期是要选择女性排卵期中的发育成熟的卵泡，是不需要使用药物来进行的，然后在培养4至5天之后就可以移植了，但是一旦取卵失败就不能获取卵子了。而人工周期却是相反的，它主要是使用人工方法来获得发育成熟的卵泡，在这个过程中是需要促进排卵的药物，可以有助于获得更多的卵子，从而在体外受精的时候，试管婴儿成功的机会也就更多。其次，自然周期主要是依靠卵泡自己自然发育，所以相比较而言花费也就少一些，而且在发育的过程如果失败了，可以在下一个月继续进行，时间就会节省。而人工周期在前期排卵的时候就要大量的药物，以此来刺激卵巢诱导排卵，费用就会比较贵，如果试管人工周期失败之后，还需要三个月的时间来让卵巢休息恢复，才可以继续进行。最后，因为人工周期用药过多，既有利于受精，但也容易带来一些并发症，而自然周期会有利于胚胎的发育，但在时间方面不好控制，需要多次到医院进行检查，以免造成胚胎不能移植。
